Ook op de tweede testdag in Sepang wist Casey Stoner de concurrentie voor te blijven. Valentino Rossi moest vanwege een griepje vanaf de kant toekijken.
Ziek
Rossi was 's ochtends wel op circuit aanwezig, maar voelde zich dusdang beroerd dat hij in overleg met het team besloot om niet te rijden. Hij vertrok naar zijn hotel om bij te komen zodat hij wel op donderdag tijdens de laatste testdag kan rijden.
Stoner
In de afwezigheid van Rossi liet Stoner wederom zijn ijzersterke vorm zien. Op het bloedhete circuit van Sepang - met baantemperaturen van boven de zestig graden - was de Australiër vijf hondersten sneller dan teamgenoot Dani Pedrosa. Andrea Dovizioso, de derde fabrieksrijder van Honda, volgde op drie tienden.
Valpartij
De fabrieks-Yamaha's van Jorge Lorenzo en Ben Spies volgden op de vierde en vijfde plek. Zij waren de enige rijders die ook onder de 2.01 reden. Spies moest de testdag voortijdig beëindigen na een valpartij.